En 1964, Mujica se integró a la guerrilla Movimiento de Liberación Nacional-Tupamaros y participó en acciones armadas. Fue apresado en cuatro ocasiones. Su última detención se prolongó por 13 años. Salió en libertad gracias a la ley de amnistía decretada en 1985, tras de lo cual Mujica se incorporó a la política formal. Desde hace décadas, Mujica vive en una "chacra" de Rincón del Cerro. En DW, Pepe Mujica es autor de la serie de videocolumnas "Conciencia Sur".