پاکستان میں مکمل شہری حقوق نہ ملنے کی وجہ سے، بہت سے افغان مہاجرین کے بچے افغانستان کی وزارت تعلیم سے تسلیم شدہ کمیونٹی اسکولوں میں تعلیم حاصل کرتے ہیں۔ تاہم گزشتہ سال کابل پر طالبان کے قبضے کے بعد سے، ان اسکولوں کے بچوں کو ہائی اسکول سرٹیفکیٹ بھی جاری نہیں کیے جا رہے۔ اس وجہ سے پاکستان میں افغان پناہ گزینوں کے بچوں کی اعلیٰ تعلیم کا حصول غیر یقینی صورتحال کا شکار ہو گیا ہے۔